第一季
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本作开始于P.D.（Post Disaster）323年。三百年前，地球发生了名为“厄祭战争”的大战，大战结束后，地球圈舍弃了过去的统治方式，以新的支配体系，构筑了全新的世界。但就在遥远的火星圈里，那些从属于地球圈的殖民地上，开始了来自民众的不满与躁动。火星都市克里塞上的人，希望从地球势力统治下经济独立。身为独立派领袖的古荻莉亚·蓝那·伯恩斯坦，成为地球势力一方的眼中钉。地球势力一方派遣“加拉尔霍恩”前去火星，企图暗杀或控制古荻莉亚。“加拉尔霍恩”是个以战力凌人的武装组织，负责摘除任何叛乱、危害地球圈利益的可能因子。
主角三日月·奥格斯是一间独立自治区的民间警备公司“克里塞保安公司”（简称：CGS）三号队的成员。CGS收留穷苦无依的孤儿编入三号队，并强行施予“阿赖耶识系统植入手术”方便驾驭机动工兵。在内部管理上，三号队视为CGS主力部队一号队的后备部队，即使拥有不凡驾驶技术的队员三日月、昭弘、尤金等人，仍受到相当大差别的待遇。
在一次CGS特别承揽的护卫古荻莉亚的任务中，三日月和同伴遭受加拉尔霍恩袭击。CGS的主力部队一号队企图利用三号队作为诱饵，挟同古荻莉亚偷偷撤退。三号队领袖奥尔加·伊兹卡，领导著被视为弃卒的三号队，对以古荻莉亚为目标的加拉尔霍恩进行负隅顽抗。就在此时，三日月启动了以往在厄祭战争中使用过，而目前作为CGS能源炉的机动战士—“高达・巴巴托斯”。该机体长期以来藏在基地地底，当成电力来源，无人知晓它所蕴藏的力量。最终，三日月依赖“阿赖耶识”首次驾驶“高达・巴巴托斯”出色地击退来袭的加拉尔霍恩。随着加拉尔霍恩的撤退，一号队归还，三号队与一号队长年以来的对立矛盾即将爆发。就此，故事揭开序幕。[4][5][6][7]
第二季
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主角“三日月・奥格斯”所隶属的铁华团，因为护送“古荻莉亚・蓝那・伯恩斯坦”到地球阿布罗代表选举的战斗而一举成名；同时这场战斗也暴露出加拉尔霍恩腐败的一面，世界正逐渐产生改变。因为和阿布罗交涉而成功获得了半金属权益，让属于迪瓦茲直系的铁华团在资金面更加宽裕、想要入团的人也增加了，其规模扩展到能在地球设立支部的程度，就这样，两年过去了…。
P.D.325年，因为地球之旅而得知世界实情的古荻莉亚设立了“阿德莫斯商会”，虽然能从旁在现实及实务面为火星的经济独立提供助力，但是对于扩展出名声并踏上新道路的她感到不悦的人也很多。阿德莫斯商会决定要到半金属挖掘场进行视察，收到护卫委托的铁华团团长“奥尔加・伊兹卡”察觉到了新的敌人。在奥尔加的指挥之下、铁华团、还有三日月也以MS“高达・巴巴托斯天狼型”一起前往击退敌人。